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NGS测序基础梳理01 文库构建

这篇文章给大家聊聊关于测序pcr为什么只需要一条引物,以及测序引物不建议使用对应的知识点,希望对各位有所帮助,不要忘了收藏本站哦。

本文目录

  1. 通用引物的作用原理
  2. 菌液测序为什么是双峰
  3. 为什么测序公司不能测序,说是信号中断,什么原因
  4. 测序pcr为什么只需要一条引物

通用引物的作用原理

通用引物,含义为克隆位点两旁的序列匹配,目的是引扩出DNA片段,主要用来测序。

通用引物是一般和载体多克隆位点两旁的序列匹配,或者是与载体里面的一些启动、终止元件匹配。这样不管载体插入什么DNA片段,都可以用通用引物扩出来。通用引物可以用来测序,但是只是“通用”,也不是万能的。

菌液测序为什么是双峰

样品本身被污染,这常常发生在样品为质粒和菌液的情况中。当使用通用引物测序时,如果刚好和样品中的几个质粒均能结合,那么就会出现这种情况,而且在同一位置上还可能有不止两个峰形;样品不是单一模板,这常常发生在样品为PCR产物的情况中。由于使用的是特异性引物,因此即使模板中有其他DNA的存在,产生干扰的可能性也很小。

通常是由于存在两条分子量很接近,采用琼脂糖电泳无法分开的条带,在测序时就会发生这种情况;样品中存在两个引物结合位点,这常常发生在样品中存在重复序列的情况下。当引物恰好设计在重复序列中时,那么在重复序列以外的部分就会出现Twopattern的情况;所用的测序引物不纯,这种情况一般发生在PCR产物测序中。

因为PCR测序一般使用的都是PCR扩增引物,如果引物本身不纯,测序结果会出现双峰。所以我们测序的引物一般要求都是要经过PAGE纯化的;测序样品序列中存在如重复序列,poly结构,发夹结构等复杂结构导致测序信号出现乱峰。

为什么测序公司不能测序,说是信号中断,什么原因

原因在于测序时经历了PCR反应及测序反应(测序反应本身也是PCR反应)二次聚合酶的打滑现象.原因不明的复杂结构,测序结果就出现突然信号减弱或消失.出现这些现象的原因由DNA模板本身立体结构所造成的.

当DNA碱基中含GC含量高的时候,从某一位置开始聚合酶的聚合反应便无法进行下去.这样的情况,建议可以尝试换用反向引物进行测序.或者是将PCR产物做一个TA克隆后再测序,可以根本上解决测序信号中断的问题.

测序pcr为什么只需要一条引物

可能是你的pcr比较短,一个测序反应就可以了,同时你没有要求测通,因为由于测序原理的原因,从测序引物开始的前几十个碱基是不准或者测不到的,所以如果想知道一个pcr的全部序列就需要一对引物进行双向测序,另一条引物可以是你的扩增引物也可是根据已测序列设计的反向引物。

好了,文章到这里就结束啦,如果本次分享的测序pcr为什么只需要一条引物和测序引物不建议使用问题对您有所帮助,还望关注下本站哦!

创新参选 PCR产物直接测序方法的改进

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