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孟德尔祖籍原为奥地利西里西亚海因策道夫村，今属捷克共和国。
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孟德尔的父亲曾在奥地利的军队里服役，抵抗过拿破仑军队的入侵。
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因为贫穷，孟德尔读高中时经常挨饿。后来靠着家里本来给妹妹准备的嫁妆钱读完了大学预备班。同样是因为贫穷，无法去大学深造，只好通过他物理老师的推荐去修道院任职。
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圣托马斯修道院属于奥古斯丁修会，是当时天主教最自由的修会，拥有国内最大的图书馆，注重教育与研究，科研氛围浓厚，很多修道士兼任附近中学的老师。
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自1849年，孟德尔开始在中学任数学和拉丁文代课教师，持续了9年时间。于1850和1856年参加过两次教师资格考试，遗憾的是都没有通过。
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孟德尔逻辑严密的实验设计以及严谨的数学分析，应该和在维也纳皇家大学进修时受教于两位赫赫有名的物理学家有很大关系，一位是因“多普勒定律”闻名世界的多普勒教授，孟德尔当过他的实验示范助理。另一位是精通统计学的艾丁斯豪森教授，孟德尔擅长在看似杂乱的数据中寻找规律，显然是受到这位教师的影响。
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最初，孟德尔本来是选用小鼠来做杂交实验的，他用褐色小鼠和小白鼠杂交，观察其后代毛色的变化。后被主教巡视时发现，主教认为动物杂交与禁欲的修道士身份不符，遂及时制止。现在看来，主教其实帮了孟德尔的忙。
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自1856年，孟德尔用34粒豌豆种子开始了他的豌豆杂交实验，8年内，他总共进行了大约两万八千株豌豆的杂交。
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孟德尔总结出遗传规律以后，曾和著名的植物学家纳吉里通过信件交流过7年之久，但没有得到他的认可和鼓励，纳吉里对孟德尔的结果不以为然，认为孟德尔需要用其他植物做更多的实验才可得出结论。
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为得到纳吉里的认可，从1870年开始，孟德尔选用纳吉里的实验材料——山柳菊做杂交实验。山柳菊花朵很小，杂交实验损伤了孟德尔的视力，但孟德尔发现他的法则对山柳菊完全不适用。实验结果对孟德尔打击很大，曾一度对自己得出的法则产生怀疑。孟德尔不知道的是，自然状态下的山柳菊采用的是无性生殖，虽然看起来子代和亲代性状相同，但他实验时用到的植株并不是纯种。
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